Далеко не все используемые природные ресурсы, а тем более услуги природных экосистем, могут быть оценены на основе денежных измерителей, т. е. общепринятых методов экономической оценки, в силу отсутствия рыночной информации. Поэтому для устранения этого пробела, а также для создания возможностей перехода к оценке экологических услуг сегодня все шире применяются дополнительные способы оценки. Их условно можно разделить на две группы. К первой группе относятся методы с использованием цен суррогатных рынков, ко второй - методы субъективной оценки.

Методы суррогатных рынков предназначены для косвенной оценки качественных характеристик окружающей среды, которые не имеют самостоятельной рыночной стоимости (к примеру, таких общественных благ, как чистый воздух или чистая вода, живописный пейзаж и т. п.), но которые оказывают влияние на цену рыночных активов, в частности, на цену жилья или земли. В основе метода лежит анализ разницы рыночных цен на недвижимость в местах с разным качеством окружающей среды. Подобный анализ может выявить неявную ценность экологических факторов, не имеющих прямой рыночной цены. Иными словами, разница в ценах на недвижимость, расположенную в экологически разных условиях и местах, заложена в рыночную цену как готовность покупателей дополнительно платить за низкий уровень загрязнения воздуха, водных ресурсов, красивый пейзаж, экологически чистую продукцию и т. д.

В условиях недостатка информации методы суррогатных рынков дополняются методами субъективной оценки. Они предусматривают прямой опрос населения для выявления его реакции на определенную ситуацию, предпочтений и готовности оплачивать использование или сохранение нетронутыми тех объектов природы и экологических услуг, которые плохо поддаются стоимостной оценке.

Методы суррогатных рынков предусматривают также применение аналогий по альтернативным способам производства экологических товаров и услуг, т. е. выявление альтернативной стоимости. Например, когда речь идет об экологических услугах, оказываемых мелководьями, которые являются местами нагула для молоди многих видов рыб, используют информацию о стоимости их искусственного воспроизводства.

Можно сказать, что в данном случае применяются методы оценки восстановительной стоимости, при которых цена биологических ресурсов определяется капитальными затратами на создание их искусственных аналогов в том же объеме и с тем же набором потребительских свойств, что и оцениваемый ресурс природы в естественных условиях.

Иными словами, оценка биоресурсов и экологических услуг с применением методов восстановительной стоимости предполагает измерение затрат, которые бы пришлось израсходовать обществу, чтобы полностью возместить исчезновение данных ресурсов из использования в хозяйственных целях или в целях жизнеобеспечения экосистем.

Аналогичные принципы предусмотрены и действующими в России методиками исчисления ущерба, причиняемого рыбным запасам антропогенной деятельностью. Однако, как отмечают исследователи, заложенные в них методы не универсальны и содержат различные способы оценки ущерба и сроков проведения компенсационных мероприятий (Краев и др., 2004). К тому же они не нацелены на учет экосистемных подходов.