При проведении биоэкономических исследований в рыболовстве в принципе также могут использоваться интегрированные методы оценки. Однако традиционная система рыболовства сама по себе чрезвычайно сложна в управлении и связана с необходимостью привлечения и анализа огромных информационных массивов. Биоэкономический же анализ предполагает использование гораздо большего числа компонентов, характеризующих динамику системы рыболовства. Поэтому принятию выверенных управленческих решений может способствовать использование приемов моделирования и линейного программирования, которые в последние годы все шире распространяются в системах управления ограниченными природными ресурсами, включая систему рыболовства.